服务介绍 | ecDNA-seq:染色体外DNA(ecDNA)测序技术服务

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N4-acetylcytidine (ac4C)N4位乙酰胞嘧啶是真核原核生物中保守的化学修饰早期研究认为ac4C主要存在tRNA和18S rRNA上。而近期研究显示mRNA上也存在大量的ac4C该修饰在促进蛋白翻译影响RNA稳定性和可变剪接调控基因表达发挥重要作用有望成为表观转录组学的新兴发展方向。表观生物ac4C免疫共沉淀测序服务acRIP-seq全面解析ac4C在转录组的分布及变化帮助科研人员深入理解RNA乙酰化在生命和疾病中的作用促进疾病的精准诊断与治疗研究。01技术原理RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA ImmunoprecipitationacRIP)基于抗体特异性结合乙酰化修饰的碱基的原理以RNA免疫共沉淀富集甲基化修饰片段为基础然后通过高通量测序在全转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域高效获得结果。图1. acRIP-seq实验流程图02送样要求样品类型RNA样本总量≥100 μg细胞样本≥2.5*107个细胞/样本组织样本≥50 mg样本物种仅限人、大小鼠其他物种需评估03分析内容基本分析1. 测序原始reads 去接头质量控制QC2. 参考基因组比对Mapping3. 富集区域鉴定PeakCallling4. 富集区域注释PeakAnno5. lncRNA修饰分析、mRNA修饰分析6. 富集区域metagene图、pie图7. Motif分析CXX repeat motif8. Peak基因GO 和KEGG 分析9. 差异Peak分析差异乙酰化分析10. 差异Peak基因GO 和KEGG 分析11. 单位点修饰预测分析Single SiteCXXCXXCXXCXX 的预测12. 关联分析与RNA-seq 关联分析13. 关联分析四象限图14. 关联分析热图仅限有生物学重复高级分析1. RNA-seq 表达差异与ac4C修饰差异关联分析2. mRNA 可变剪切与ac4C修饰差异关联分析3. 翻译组Ribo-seq 翻译差异与ac4C修饰差异关联分析04实测数据图7. ac4C修饰metagene图ac4C修饰在mRNA上显著富集于CDS区域呈现明显的5端偏向性在lncRNA上分布均匀覆盖全长区域图5. motif分析结果motif分析结果显示CXX重复序列基序GCUGCUGCUGCU在14.34%的靶序列中显著富集P 1e-25符合ac4C修饰的经典序列偏好特征图2.多组学关联分析四象限图RNA-seq 与acRIP-seq图3. 差异Peaks火山图图4. 差异GO分析气泡图图6. IGV峰图05客户文章Cancer Res: NAT10 通过增强ac4C相关的DNA修复导致膀胱癌症顺铂化疗耐药[1]为了阐明NAT10介导化疗耐药的调控机制研究者通过acRIP- seq发现mRNA 上存在大量的ac4C 修饰包括终止密码子附近亦存在大量的ac4C修饰位点。接着研究者敲低NAT10 后做了RNA-seq联合acRIP-seq 的结果发现和以往报道的5’端ac4C 修饰的促翻译作用不同NAT10 能够直接调控ac4C 修饰在终止密码子附近的mRNA 的稳定性。随后通过IP实验研究者鉴定了与NAT10 相互结合的蛋白HNRNPQ 及THRAP3并揭示了NAT10 通过结合HNRNPQ及THRAP3防止下游靶基因mRNA降解。临床数据分析表明NAT10/HNRNPQ/THRAP3联合表达水平可显著预示膀胱癌患者的不良预后具有重要的临床意义。最后结合一系列的细胞实验、动物实验及类器官实验证实Remodelin能够安全有效地增强顺铂对膀胱癌细胞的杀伤作用。图8. NAT10过表达和对照组细胞的ac4C修饰metagene图图9. ac4C peaks基因区间分布情况图10. KEGG富集分析显示乙酰化mRNA编码的基因与NOTCH信号通路相关RNA乙酰化ac4C研究路径图