多组学之蛋白组—群体蛋白组学

群体蛋白组学首先由Nedelkov于2004年提出[1]是调查群体内部或群体间的蛋白多样性[2]。涉及蛋白的去糖基化、序列截短、边链修饰和其他的修饰在群体的发生率相关研究目前还很少这些研究将会对生物标志物的发现起到很大的促进作用。基于群体蛋白组的研究不仅对生物标志物的发现有作用还在标志物的验证也有优势。血清蛋白中有6个丰度最高的蛋白占85%的蛋白总量而剩下数千个蛋白只占总量的15%做群体蛋白组研究最好剔除掉高丰度表达蛋白[3]。群体蛋白组学对发现新的修饰类型也十分必要[4]。群体基因组是HapMap项目的先导该项目的目标是检测人类群体内的遗传相似性和多样性[5]。HapMap项目所获得的数据可以帮助研究人员发现与健康、疾病、药物反应和环境胁迫相关联的基因[6]。随着快速、高通量蛋白质测定方法不断进步群体蛋白质组学研究将发挥与HapMap一样的作用。第一个群体蛋白组研究涉及到96个健康个体的25个血清蛋白,发现主要的多样性存在于截短蛋白发现14种修饰存在于所有96个样本中[7]。这个研究之后又启动了1000个个体的蛋白组项目共检测到27种蛋白修饰包括20种翻译后修饰和7种点突变其中6种修饰高频存在80%个体5种修饰中频存在20-50%16种修饰低频存在7%9种修饰在之前的96个体检测中没有被发现[8]。参考文献1、Nedelkov, D., Tubbs, K. A., Niederkofler, E. E., Kiernan, U. A., and Nelson, R. W. (2004) High-throughput comprehensive analysis of human plasma proteins: a step toward population proteomics. Anal. Chem. 76, 1733–17372、Nedelkov, D., Population proteomics: addressing protein diversity in humans. Expert Rev. Proteomics 2005, 2, 315–324.3、Echan, L. A., Tang, H. Y., Ali-Khan, N., Lee, K., and Speicher, D. W. (2005)Depletion of multiple high-abundance proteins improves protein profilingcapacities of human serum and plasma. Proteomics 5, 3292–33034、 Niederkofler, E. E., Tubbs, K. A., Kiernan, U. A., Nedelkov, D., and Nelson, Population Proteomics Molecular Cellular Proteomics 5.10 1817R. W. (2003) Novel mass spectrometric immunoassays for the rapid structural characterization of plasma apolipoproteins. J. Lipid Res. 44, 630–6395、Thorisson, G. A., Smith, A. V., Krishnan, L., Stein, L. D., TheInternational HapMap Project Web site. Genome Res. 2005,15, 1592–1593.6、The International HapMap Consortion. A haplotype map ofthe human genome. Nature 2005, 437, 1299–1320.7、Nedelkov, D., Kiernan, U. A., Niederkofler, E. E., Tubbs, K. A.,Nelson, R. W., Investigating human plasma proteins diversity. PNAS 2005, 102, 10852–10857.8、Nedelkov, D., Phillips, D. A., Tubbs, K. A., Nelson, R. W., Investigation of human protein variants and their frequency in the general population. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6,1183–1187.