做生物信息分析,最搞心态的是什么?不是代码报错,而是下载数据。
你去NCBI的GEO数据库找数据,点进去一看,几个G甚至几十个G的原始数据。用浏览器直接下?断线重连是家常便饭。用wget?速度像蜗牛爬,还容易因为网络波动中断,重新下又要等半天。
很多新手朋友,特别是刚进实验室的研究生,为了下几个芯片或者测序数据,能急得头发掉一把。其实,根本不用这么折磨自己。
今天不聊虚的,直接上干货。解决这个问题的终极方案,就是Aspera。
Aspera是什么?简单来说,它就是一种基于UDP协议的高速传输技术。和普通HTTP下载不同,它不像是在走独木桥,而是像开了高速公路。不管网络环境多烂,它都能把带宽跑满。对于动辄几十G的FASTQ文件,普通下载可能要一天,Aspera可能只要半小时。
怎么操作?别被名字吓到,其实很简单。
第一步,装软件。去IBM官网下载Aspera Connect。注意,是Connect,不是那个命令行工具,虽然命令行更高级,但对于大多数只想快速下载数据的人来说,浏览器插件形式的Connect最省事。安装后,重启浏览器。
第二步,找链接。在GEO页面,找到你需要的样本。通常会有一个“FTP”或者“Aspera”的链接。如果没有Aspera链接,别慌,有些页面会提供aspera命令行代码。
这里有个坑,很多人不知道。GEO上的数据分两种,一种是处理过的矩阵,一种是原始reads。原始reads通常很大,必须用Aspera。如果你只是想看个热图,下矩阵就够了,不用折腾。
第三步,点击链接。当你点击那个aspera链接时,浏览器会尝试唤起Aspera Connect。如果没反应,检查插件是否启用。一旦唤起,你会看到一个进度条。
这时候,你会惊讶地发现,速度直接飙到几十MB/s,甚至更高。这取决于你的网卡和ISP。
但是,Aspera 下载geo数据 并不总是那么一帆风顺。
我遇到过几次,下载了一半卡住。这时候,不要急着刷新页面。刷新往往会导致会话失效,前功尽弃。正确的做法是,去Aspera Connect的界面里看状态。有时候它只是在后台排队,或者在重新握手。
另外,磁盘空间要留够。别等到下完了,发现C盘满了,那才叫绝望。建议挂载一个单独的硬盘,或者确保系统盘有足够余量。
还有,关于Aspera 下载geo数据 的命令行方式。如果你习惯用Linux服务器,直接敲命令是最稳的。
命令大概是这样的:
asperaweb -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 1000 -W -T -v -D -P 33001 user@fasp.host.com:/path/to/file ./local_path
别被这一长串吓到。其实核心就是那个fasp://开头的链接。你可以把GEO页面上的fasp链接直接复制,替换到命令里。
这里要注意,fasp端口默认是33001,有些公司的防火墙会拦截UDP协议,导致连接失败。如果你在公司内网,发现连不上,大概率是防火墙的问题。这时候,你得找网管开端口,或者换个网络环境,比如用手机热点试试。
很多人问,Aspera 下载geo数据 安全吗?
放心,这是IBM的标准协议,加密传输,比HTTP安全多了。而且,它是官方推荐的传输方式,NCBI和EBI都支持。
再分享一个小技巧。如果你要下多个样本,别一个个点。Aspera Connect支持批量添加任务。你可以把几个fasp链接都加进去,让它自动排队下载。这样你可以去喝杯咖啡,回来数据就下好了。
当然,也不是所有数据都适合用Aspera。有些老旧的GEO系列,可能只提供了FTP链接。这时候,你就得用传统的wget -c命令。-c参数代表断点续传,这是底线技能,必须掌握。
总结一下。
做生信,工具选对,事半功倍。Aspera是目前最快、最稳的下载方式。虽然安装配置有点小门槛,但一旦上手,你就再也回不去浏览器下载的日子了。
记住,不要在这个环节浪费时间。把精力留给后续的分析,那才是体现你价值的地方。
最后提醒一句,下载过程中,尽量保持网络稳定。别一边下数据,一边开视频会议,那样容易崩。
希望这篇指南能帮你省下几个小时的等待时间。毕竟,头发比数据珍贵。