geo挖掘tcga验证
本文关键词：geo挖掘tcga验证
说真的
最近好多小老弟问我
怎么快速出文章
核心就一个词
geo挖掘tcga验证
听我劝
别整那些虚头巴脑的理论了
直接上手
先说我的背景
我是研三
刚发表了一篇二区的文章
核心方法就是基于geo的转录组挖掘
结合tcga做临床关联
过程挺坎坷的
但是经验很足
希望能帮到你
首先
你要搞清楚
geo和tcga的区别
很多初学者混为一谈
geo是公共数据库
主要是发现
tcga是临床队列
主要是验证
这俩得搭配着用
光有geo没tcga
审稿人会怼你
光有tcga没geo
又显得没新意
所以geo挖掘tcga验证这个流程
是现在生信文章最稳妥的套路之一
第一步
去geofinder或者geo2r筛选数据集
注意
样本量不能太少
至少20例以上
否则统计效力不够
我有一次
找了个8例的数据集
做差异分析
结果全是噪音
差点报废
后来换了一个35例的
这才稳了
这一步叫初筛
别嫌麻烦
数据质量决定上限
第二步
差异基因分析
用limma或者edgeR
阈值怎么设
这是老生常谈
但我还是要说
logFC>1.5
adj.P<0.05
这是标准
你可以微调
但别太离谱
不然后面没基因可用
我有个同门
为了多留几个基因
把阈值放得很松
结果后面验证的时候
一堆假阳性
最后不得不重做
太可惜了
大家引以为戒
第三步
基因集富集
GO和KEGG
这一步不难
难的是怎么讲故事
别光列列表
要结合疾病机制
比如
你做的是肺癌
那就往PI3K-Akt信号通路靠
往EGFR靠
要有逻辑
不然看起来就是为了富集而富集
我在审稿人意见里看到过
说作者富集结果与临床不符
其实是因为
他没把富集结果和预后分析连起来
这就是断层
第四步
关键来了
tcga验证
很多人卡在数据下不上
GDC的api接口变过几次
以前用R的tcgautils很方便
现在部分包失效
建议直接去GDC portal下载
用gdc client
命令行的活
多试几遍
总会对的
我为了下载tcga的RNAseq数据
敲断了好几根键盘回车键
真是又爱又恨
验证什么
主要看两个
一是差异基因的预后能力
Cox回归
HR值有没有显著性
二是免疫浸润
用CIBERSORT或者ssGSEA
看看高表达组和低表达组的免疫细胞占比
现在文章没免疫浸润
说服力不够
我最近投的一稿
就是加了单细胞注释和免疫浸润
直接送审了
不然还在修改
运气成分很大
但数据要硬
还有一个细节
PPI网络
STRING数据库
用Cytoscape画个网
别搞太大
节点控制在50-100个
太密了看不清
标出hub genes
再拿这几个hub genes去tcga验证
闭环就形成了
geo挖掘tcga验证的核心
就是闭环
从发现到验证
逻辑要通
最后
说点题外话
做生信
心态要稳
代码报错
数据缺失
那是常态
别焦虑
我也崩溃过
把屏幕一摔
出去抽了包烟
回来继续跑
没事的
只要方法对
结果迟早会出来
大家加油
把这篇文章当个草稿看
有不对的地方
评论区指正
咱们一起进步
geo挖掘tcga验证这条路
虽然卷
但是稳
祝你早日接收
记得点赞收藏
不迷路
啊对了
我用的R版本是4.3.0
有些旧包可能不兼容
记得升级
别问我怎么知道的
问就是踩坑
坑很深
深不见底
但风景不错